Trước đây, tất cả cá sấu còn tồn tại hay đã tuyệt chủng đều được đặt vào bộ Crocodilia. Tuy nhiên, từ cuối thập kỷ 1980, nhiều nhà khoa học bắt đầu thu hẹp bộ Crocodilia (chỉ còn gồm các loài cá sấu hiện đại và họ hàng gần đã tuyệt chủng như Mekosuchus). Các nhóm khác trước đây gộp trong Crocodilia được đổi thành Crocodylomorpha và hạn chế hơn một chút là Crocodyliformes[2]. Crocodylomorpha được phân loại là cấp liên bộ trong một số nghiên cứu trong thế kỷ 20 và 21.[3]

Bộ Crocodylia cũ được chia làm bốn phân bộ:

• Eusuchia: cá sấu thật sự (nhóm chỏm cây của Crocodylia)
• Mesosuchia: cá sấu 'trung gian'
• Thalattosuchia: cá sấu biển
• Protosuchia: cá sấu đầu tiên.

Mesosuchia là nhóm cận ngành vì nó không chứa Eusuchia nhưng nhóm cá sấu thật sự này thì lại lồng sâu bên trong Mesosuchia. Tên gọi Mesoeucrocodylia được đặt cho nhánh chứa cả Mesosuchia và Eusuchian (Whetstone & Whybrow, 1983).

Phát sinh chủng loài

Phát sinh chủng loài theo Larsson & Sues (2007)[4] và Sereno et al. (2003):[5]